Сингер М., Берг П. «Гены и геномы. Том 1» 1998 год

Сингер М., Берг П. - Гены и геномы. Том 1 - 1998 год

Автор: Сингер М., Берг П.

Год: 1998

Университетское руководство по молекулярной биологии, написанное выдающимися американскими учеными, членами Национальной академии наук (П. Берг - лауреат Нобелевской премии). Книгу отличают общебиологический подход, глубина теоретических обобщений, изящная и наглядная форма подачи материала.
В 1-м томе рассматриваются следующие вопросы: строение и функционирование биологических молекул, участвующих в работе генетического аппарата; процессы репликации и экспрессии генов; широкий круг вопросов, относящихся к технологии рекомбинантных ДНК (ферментные системы, системы вектор–хозяин, манипуляции с рекомбинантными ДНК).
Для молекулярных биологов, преподавателей и студентов университетов, специалистов.

От редактора перевода
Предисловие
Благодарности

Часть I. Молекулярные основы наследственности: обзор

Введение
Хромосомы
Клеточный цикл
Мейоз и образование гамет
Строение хромосом
Наследование одиночных признаков
Независимая сегрегация и независимое комбинирование
Связь между генами и хромосомами
Рекомбинация
Связь между генами и белками
Гены и ДНК
Генетика - молекулярная наука
Перенос генетической информации в клетке
Структура и сохранение геномной ДНК
Экспрессия и регуляция генов

Глава 1. Молекулы генетического аппарата
1.1. Структура и поведение ДНК
а. Компоненты молекулы ДНК и соединяющие их химические связи
б. Спиральная структура ДНК
в. Альтернативные формы двойной спирали ДНК
г. Размер молекул ДНК
д. Разнообразие форм ДНК
е. Денатурация и ренатурация ДНК
ж. Упаковка ДНК в хромосомах
1.2. Структура и поведение РНК
а. Типы РНК и их распространенность
б. Компоненты молекулы РНК и соединяющие их химические связи
в. Структура РНК
г. Денатурация и ренатурация РНК
д. Гибридные спирали ДНК–РНК
1.3. Структура белков
а. Компоненты белков и соединяющие их химические связи
б. Размер и форма белков . . . .
в. Чем определяется конформация белка

Глава 2. Репликация, сохранение и модификация генома
2.1. Репликация ДНК
а. Матричная функция ДНК при репликации
б. Репликация начинается в определенных точках
в. Репликация ДНК полуконсервативна
г. Комплементарное копирование оснований, перенос дезоксинуклеотидов и лигирование ДНК при репликации
д. Ключевые ферменты, участвующие в синтезе ДНК
е. Для репликации необходимо раскручивание спирали
ж. Инициация образования новых цепей ДНК и их рост в репликативных вилках
з. Терминация репликации ДНК и расхождение дочерних спиралей
2.2. Репликация РНК с образованием ДНК
а. Репликация геномов ретровирусов
б. Некоторые ДНК-содержащие вирусы используют для репликации обратную транскрипцию
2.3. Репарация ДНК
а. Репарация путем прямого восстановления исходной структуры
б. Репарация путем замены модифицированных остатков
в. Значение репарации ДНК
2.4. Рекомбинация ДНК
а. Типы рекомбинации
б. Общая рекомбинация между гомологичными молекулами ДНК
в. Ферменты, участвующие в общей рекомбинации
г. Сайт-специфическая рекомбинация
2.5. Репликация

Глава 3. Аппарат экспрессии генов и его логика
3.1. Основные положения процесса экспрессии генов
а. Транскрипция ДНК в РНК
б. Соответствие между нуклеотидными триплетами и аминокислотами
в. Расшифровка кода с помощью тРНК
г. Правильная инициация трансляции
д. Трансляция кодонов и соединение аминокислот
е. Регуляция экспрессии генов на разных этапах образования РНК и белка
3.2. Транскрипция: передача информации о нуклеотидной последовательности ДНК на уровень РНК
а. Синтез РНК на ДНК-матрице
б. ДНК-зависимые РНК-полимеразы
в. Транскрипция инициируется в особых нуклеотидных последовательностях
г. Терминация транскрипции и отделение цепей РНК
3.3. Процессинг РНК у прокариот
а. Группы генов, кодирующих рРНК и тРНК
б. Разрезание рРНК-тРНК-котранскриптов
в. Образование зрелых тРНК из более крупных транскриптов
3.4. Генетический код
а. Аминокислотная последовательность белков соответствует нуклеотидной последовательности кодирующих их генов
б. Соответствие между аминокислотами и их кодонами
в. Расшифровка генетического кода
г. Избыточность генетического кода
д. Универсальность генетического кода
3.5. Аппарат трансляции
а. Присоединение аминокислот к «родственным» тРНК
б. На рибосомах осуществляются спаривание аминоацил-тРНК с кодонами и сборка белковых цепей
3.6. Трансляция мРНК у прокариот
а. Условия инициации
б. Элонгация полипептидной цепи
в. Терминация элонгации полипептидной цепи
3.7. Некоторые общие особенности процесса трансляции
а. Одновременная трансляция молекулы мРНК более чем одной рибосомой
б. Трансляция бактериальных мРНК может осуществляться параллельно транскрипции
в. Рибосомы начинают новый раунд после трансляции кодирующей последовательности
г. Взаимодействие кодона и антикодона
3.8. Трансляция мРНК у эукариот
а. Особые модификации мРНК эукариот
б. Инициация трансляции на 5'-кэпированных концах малыми рибосомными субчастицами
в. Элонгация и терминация полипептидной цепи
3.9. Ингибиторы транскрипции и трансляции
а. Ингибирование РНК-полимеразы
б. Ингибирование трансляции
3.10. Судьба синтезированных белков
а. Посттрансляционная модификация полипептидных цепей
б. Доставка эукариотических белков к клеточным мембранам и проникновение через них
в. Транспорт белков в эукариотические клеточные органеллы
г. Транспорт белков в клетках прокариот
3.11. Регуляция генной экспрессии
а. Регуляция содержания РНК в процессе биосинтеза
б. Согласованная регуляция экспрессии прокариотических генов
в. Регуляция экспрессии лактозного оперона
г. Регуляция экспрессии триптофанового оперона
д. Временная регуляция генной экспрессии в жизненном цикле бактериофага λ
е. Трансляционная регуляция экспрессии некоторых генных продуктов

Литература


Часть II. Триумф рекомбинантных ДНК

Введение
Введение новой генетической информации в клетки бактерий
Трансформация бактерий
Конъюгация
Трансдукция
Принципы клонирования
Концепция рекомбинантной ДНК
Важные открытия
Бактериальные плазмиды
Рестриктирующие эндонуклеазы

Глава 4. Инструментарий: ферменты
4.1. Нуклеазы
а. Общие свойства
б. Нуклеазы, специфичные в отношении одноцепочечной ДНК
в. Нуклеаза Bal 31
г. РНКазы Н
4.2. Эндонуклеазы рестрикции
а. Три типа эндонуклеаз рестрикции
б. Типичная рестриктирующая эндонуклеаза типа II
в. Различные группы рестриктирующих эндонуклеаз типа II
г. Картирование сегментов ДНК с помощью рестриктирующих эндонуклеаз типа II
д. Защита ДНК посредством метилирования
4.3. Фосфомоноэстеразы
4.4. Полинуклеотидкиназа
4.5. ДНК-лигаза
4.6. ДНК-полимераза I
а. Полифункциональный фермент
б. Ник-трансляция
в. Заполнение брешей
4.7. РНК-зависимые ДНК-полимеразы (обратные транскриптазы)
4.8. Терминальная дезоксинуклеотидил-трансфераза
а. Полимеризация без матрицы
б. Синтез липких концов
4.9. роlу(А)-полимераза

Глава 5. Инструментарий: системы хозяин-вектор
5.1. Е. соli-системы: клетки-хозяева
а. Разносторонность хозяина
б. «Гостеприимство» хозяина
в. Доступность хозяина
г. Некоторые примеры
5.2. Е. соli-системы: плазмидные векторы
а. Модульная структура плазмид
б. Конструирование векторов для отбора
в. Плазмидный вектор pBR322
г. Другие векторы, используемые для разных целей
5.3. Е. соli-системы: фаговые векторы
а. Некоторые различия между плазмидами и фаговыми векторами
б. Фаг λ
в. Векторы, сконструированные на основе фага λ
г. Упаковка λ-векторных молекул в фаговые частицы
д. Фаг М13
е. Векторы, сконструированные на основе фага М13
5.4. Е. соli-системы: плазмидно-фаговые векторы
а. Космиды
б. Фазмиды
5.5. Другие прокариотические системы хозяин-вектор
а. Грамотрицательные организмы
б. Грамположительные организмы
в. Челночные векторы
5.6. Эукариотические системы хозяин-вектор: дрожжи
а. Универсальность и удобство
б. Векторы, способные реплицироваться в клетках дрожжей
в. Стабильная трансформация при рекомбинации с дрожжевым геномом
5.7. Эукариотические системы хозяин-вектор: животные
а. Трансформация клеток животных
б. Векторы на основе SV40
в. Векторы на основе вируса папилломы крупного рогатого скота
г. Векторы на основе ретровирусов
5.8. Эукариотические системы хозяин-вектор: растения
а. Общие положения
б. Плазмида pTi-A, индуцирующая образование опухолей
в. Конструирование векторов рекомбинантных ДНК с использованием pTi

Глава 6. Средства: конструирование, клонирование и отбор рекомбинантных молекул ДНК
6.1. Вставки
а. Общие положения
б. Вставки геномной ДНК
в . Синтетические вставки
г. Копирование РНК с образованием ДНК
6.2. Лигирование вектора со вставкой
а. Соединение концов
б. Присоединение липких концов
6.3. Инфекция, трансфекция и клонирование
а. Перенос рекомбинантных молекул из пробирки в клетку
б. Клонирование
6.4. Скрининг клонированных популяций рекомбинантных молекул
а. Обнаружение нужного клона
б. Отжиг с комплементарным полинуклеотидом
в. Определение экспрессии гена в клетках
6.5. Библиотеки
а. Геномные библиотеки
б. Библиотеки кДНК
6.6. Некоторые стратегии клонирования генов и кДНК

Глава 7. Продукты рекомбинации: характеристика и манипулирование
7.1. Макроструктура клонированной вставки
а. Размер вставки
б. Картирование сайтов для рестриктирующих эндонуклеаз
в. Субклонирование
г. Определение положения интересующего нас сегмент